El destacado etnolinguista fue también profesor de la Universidad de Magallanes y profesor visitante en diversas universidades extranjeras. En 2010 recibió la distinción de Fellow de la Simon Guggenheim Foundation y participó activamente en conferencias y simposios.
Desde 1975 realizó un extenso trabajo dirigido a la preservación de datos etnográficos de la cultura kawésqar y la revitalización de la lengua de este pueblo. Llevó a cabo proyectos de investigación sobre diversos aspectos de la cultura y lengua kawésqar. Es autor de una Gramática Kawésqar; un Diccionario Kawésqar-Español; Diccionario Conciso Español-Kawésqar; varios volúmenes de Manuales para la Enseñanza de la Lengua Kawésqar (con el Prof. José Tonko P.); Guía Etnogeográfica del Parque Nacional Bernardo O'Higgins (con José Tonko P.) y numerosos artículos en revistas especializadas (trabajos sobre el discurso, deícticos, etnogeografía, mitos kawésqar y documentación lingüística).
La calidad humana del profesor Aguilera y el aporte académico a nuestra Facultad será siempre recordado por la Comunidad, que extiende sus sentidas condolencias a la familia y amistades.